Eine eindeutige Ursache des Morbus Crohn ist bisher nicht festgestellt worden (Stand 2019). Es werden verschiedene Faktoren für die Erkrankung angenommen. Diese reichen u.a. von psychosomatischen Zusammenhängen (z.B.Depression, Burnout u.ä.), über eine genetische Veranlagung (Prädisposition) bis zu bestimmten Mikroorganismen.